Я думаю, что если в учебном корпусе университета есть помещения (лаборатории, учебные классы и кафедры) с оборудованием информационных технологий или другим каким-нибудь электронным оборудованием, то такие здания можно отнести к п.10 Приложения А ДСТУ Б В. 2.5-38.
Общежитие, если оно не относится к п.13-15, можно не оборудовать молниезащитой. Если заказчик настаивает в выполнении молниезащиты, то я думаю ее можно выполнить согласно п.15.
В контролирующих органов и тем более в МЧС вопросов я думаю не будет, данное решения только повышает безопасность эксплуатации здания. Но если это бюджетное учереждение и деньги на обустройство выделяются бюджетные, то вопросы о целесообразности по линии КРУ могут возникнуть.