Сталкивался. И это есть проблема. Как оформлять такие вещи полностью законно, до сих пор непонятно. Разве что - отдавать на доработку авторам. Но мы же этого не хотим?

Спецавтоматика, например, смело выпускала лист изменений (по ГОСТ), заменяла отдельные листы уже своими штампами и по всем правилам. И плевала на авторские права. Но это - Спецавтоматика.
Но - как вариант.
Другой вариант, выпустить свой проект на отдельные помещения. И разница в нормах здесь не самая большая проблема. Имеете поное право делать по новым нормам. И отрисовать можно исхитриться только нужные помещения с оборваными ШС и указаниями "см.проект такой-то".
НО:
- вопрос с экспертизой неясен. Согласно Приложению Л, вроде, надо просто уведомить пожарных. Но это отдельный проект, и если категория объекта 4-5, то, вроде как, надо проходить. А производство, скорее всего, не ниже 4 категории.
- а при прохождении экспертизы могут поползти вопросы о качестве выполнения предыдущей системы. Этим можно подставить заказчика на полную реконструкцию. Если Вы уверены в качестве чужого проекта, то вполне можно так сделать.
- да и обслуживать потом будет, прямо скажем, неудобно, когда документация не сведена вместе.
Самый простой вариант - тихо, спокойно, в рамках обслуживания все поменять и рукой внести изменения в чужой проект. Но как я понимаю, заказчик хочет не этого?