я зовсім запутався
Насправді все набагато простіше, ніж здається. Спочатку розберемося з термінологією.
3.13 Блискавковідвід, що стоїть окремо – блискавковідвід, розташований таким чином, що шлях струму блискавки не має контакту з об’єктом, який він захищає.Тобто у вашому випадку №3 димова труба не буде "окремо стоячим блискавкоприймачем", бо шлях струму блискавки буде мати контакт з захищуваним об'єктом, і знов-таки, ніякої суперечності тут нема.
Щодо випадків №1 і №2 -- ви все абсолютно правильно написали. Залишається розібратись з тим, коли необхідно застосовувачи "блискавковідвід, що стоїть окремо":
6.1.3 Захист від ПУБ спеціальних об’єктів, у нормальних технологічних режимах яких можуть знаходитися і утворюватися вибухонебезпечні концентрації газів (парів, пилу, волокна тощо), повинен виконуватися блискавковідводами, що стоять окремо. Віддаленність блискавковідводів, що стоять окремо від об’єкта, що захищається, і підземних металевих комунікацій визначаються галузевими нормативними документами. Тобто якби була просто котельня -- її можна захищати звичайним блискавковідводом (не окремо стоячим), бо котельня не належить до "спеціальних об'єктів ...". Але ж у нас поряд ще й ГРП, воно якраз імхо належить до таких об'єктів. Тому тут треба застосувати блискавковідвід, що стоїть окремо.
Доречі, ГРП часто будують в містах, поряд з високоповерховими будинками. І в таких випадках взагалі можна не паритися -- "блискавковідводом, що стоїть окремо" в такому випадку виступає блискавковідвід розташованої поряд високої будівлі (детальніше див. п. 5.51 ДБН про газопостачання). Ну а якщо ГРП десь в полі -- то тут уже треба городити конструкцію, подібну до тої, яка на вашому кресленні. Але знов-таки, блискавковідвід повинен бути "окремо стоячим" згідно п. 6.1.3 ДСТУ про блискавкозахист.
Якось так, якщо ще залишилось щось незрозмілим -- запитуйте будь ласка.