Если ПТ необходимо, то оно необходимо. И по-хорошему, вы должны были сразу предупредить заказчика, что нормы это требуют. И что если он сейчас получил предписание на СПС, то это не значит, что завтра он не получит такое же на АПТ. А дальше - его дело делать сразу или подождать. Ваша совесть чиста, а заказчик морально подготовлен.
Что касается, надо ли бегом делать проект по ПТ?
Вы - исполнители. Заказчик дал вам ЭТУ работу. ПТ он может заказать и другим, в общем-то. К СПС претензий нет? Вот и хорошо. Инспектор - не эксперт, его заключение проект не испортит.
Замечание инспектора даже не к вам, а к заказчику. И заказчику нужно объяснить, что инспектор прав, что рано или поздно вопрос поднимут. Хотя бы, когда придут в очередной раз проверять пожбезопасность.